L'interaction entre les pratiques pastorales et la préservation de la biodiversité est indéniable : insectes, oiseaux, mammifères sauvages, plantes : cert ains d'entre eux sont intimement liés à la présence des troupeaux.
les herbivores,
Les grands herbivores sauvages profitent, eux aussi des ressources fourragères offertes par les estives et sont pour certains, comme le grand cerf, en concurrence directe avec les troupeaux.
L'isard, cousin du chamois alpin, est emblématique des Pyrénées. Il se déplace par les hardes souvent sous la conduite d'une femelle et le cabri naît à la fin du printemps.
La marmotte, très présente dans les montagnes, sera peut être plus facile à observer... elle fait tout pour se faire remarquer!
les insectes,
Parmi la multitude multicolore des papillons de jour, le grand apollon est le plus grand d'Europe. Il préfèrera les fleurs violacées : centaurées, chardons, scabieuses...
Infédoé aux climats de montagne, il a besoin d'espaces grandement ouverts dont la surface en herbe est importante. Aussi, sans le soleul, sous le couvert des arbres ou par temps nuageux, il est incapable de voler.
Apollon, dieu grec de la lumière et des arts, était aussi... le protecteur des troupeaux.
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les oiseaux,
Ils sont nombreux à utiliser préférentiellemnt les espaces ouverts à la recherche d'une nourriture rare. Ainsi, perdrix, lagopèdes, petits passereaux et nombre de rapaces sont très dépendants du pastoralisme.
Le gypaète barbu, grand charognard reconnaissable à son corps jaune orangé et à ses grandes ailes gris ardoise sombre, se nourrit exclusivement de la moëlle des os qu'il brise en les laissant retomber sur les cailloux. Son nom catalan décrit bien sa méthode : "tranca l'os". Merveilleux mais très difficile à voir et très délicat (il ne faut surtout pas le déranger!!), le grand tétras trouve sa nourriture favorite durant la délicate période de la reproduction : baies et insectes, grâce au pâturage sur les estives pour partie forestières, une présence pastorale contribuant ainsi à l'entretien des sous bois...